Yayasan Kebajikan Negara tidak mempunyai sumber kewangan yang tetap. Sumber pendapatan utama bergantung kepada sumbangan daripada individu, syarikat korporat dan kerajaan, pendapatan dari simpanan di institusi kewangan dan unit amanah, atau melalui pelaksanaan program kutipan dana yang dianjurkan oleh YKN atau secara kerjasama.

YKN akan menganjurkan program penjanaan dana dari masa ke semasa seperti treasure hunt, charity golf, majlis makan malam dan sebagainya selain menempatkan tabung-tabung derma di Pejabat Pos, hotel-hotel terpilih, bank seperti AmBank & Public Bank, kelab-kelab rekreasi seperti kelab golf, perpustakaan, restoran dan Bethoven di seluruh Malaysia.​